Chẳng những chiến đấu chống các vua chúa Tây Phương, Giáo hoàng còn đương đầu với triều đình Byzancia trong suốt triều đại:ông từ chối chuẩn y việc truất phế thượng phụ Inhã và đưa Phôtiô lên thay. Hoàng đế Michael III đặt Photius (858-891) làm giáo chủ Constan-tinople, thay thế giáo chủ Ignatio vẫn đang sống. Cho đến lúc này tất cả các Thượng Phụ, khi đắc cử, đều viết thư cho các Thượng Phụ ở bốn toà kia, giải thích việc mình đã được chọn và tấn phong như thế nào và tuyên xưng Đức Tin.

Đối với các Thượng Phụ Alexandria, Antiôkia, và Giêrusalem việc thông báo chỉ có tính cách hình thức, vì các vị ấy đang là tù nhân của Hồi Giáo, nhưng với Roma việc này cực kỳ là quan trọng. Thư trả lời của Giáo Triều là một sự công nhận chính thức. Đức Giáo hoàng nhận thư của Phôtiô là Đức Nicôla I (858–867). Ông liền sử dụng quyền kiểm tra của Thượng Quyền Roma. Dù khôn khéo thế mấy, thư của Phôtiô vẫn có kẽ hở, vẫn lòi đuôi. Đức Nicôla trả lời bằng một bức thư dè dật, đồng thời gửi hai đặc sứ tới Hoàng Đế Micae, với trọng trách điều tra về việc bầu cử thượng phụ vừa qua.

Bức thư hai vị đặc sứ mang theo nhấn mạnh tình bất hợp quy tắc của việc bầu cử, nhân thể cũng yêu cầu Hoàng đế trả lời Giáo hội Tây Phương các phần lãnh thổ ngày xưa đã bị Đức Lêô III người Isaurianô tước khỏi quyền tài phán của người. Hai đặc sứ tới Byzancia, hoặc bị Photinus lung lạc, hoặc vì lý do nào khác, hai ông chủ toạ một Công Đồng, chẳng những công nhân Photinus, mà Đức I-Nhã, một lần nữa, lại bị kết án.

Khi Đức Nicôla nghe các đặc sứ của mình báo cáo, không một giây do dự, ông liền cách chức các vị, vì đã vượt quá quyền hành. Trong khi đó một phái đoàn thuộc phe Đức I-Nhã tới Roma (nhưng không phải do vị thượng phụ bị truất phế này cử đi) mang theo tất cả tư liệu về thảm kịch và kêu nài công lý. Một Công Đồng họp tại Roma năm 863 và các nghị quyết được gửi tới Byzancia và ba toà thượng phụ khác được cho biết là Đức Giáo hoàng từ chối không công nhận Photinus. Một bản án Photinus lời lẽ rõ ràng hơn nữa được gửi tới Hoàng Đế.